Harris et al. Table 2

TABLE II

SUMMARY OF H-BONDS BETWEEN SENSE AND ANTISENSE GRE NUCLEOTIDES DURING 600 PICOSECONDS OF MOLECULAR DYNAMICS USING A GR DBD / 29 BP GRE MODEL IN A 10 ANGSTROM WATER LAYER

Column numbers represent the following:
(1) Sense Strand Nucleotide (2) Nucleotide Number (3) H-bonding Atom
(4) Antisense Strand Nucleotide (5) Nucleotide Number (6) H-bonding Atom
(7) First Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(8) Last Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(9) Frequency of H-bond Occurrence
* Denotes Intrastrand Nucleotide H-bonds.
Canonical Watson-Crick H-bonds are in boldface and
other DNA/DNA H-bonds are in plain text.

Key for DNA numbering scheme:

   1    LEFT HALF SITE        15  16    RIGHT HALF SITE     29
5' G T T T T T G G T T A C A A A | C T G T T C T T A A A A C G 3'
3' C A A A A A C C A A T G T T T | C A C A A G A A T T T T G C 5'
  58                          44  43                        30

1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ------------------------------ ------------------------------ G 1 O6 C 58 H42 1 600 565 C 16 H42 G 43 O6 7 597 335 G 1 H1 C 58 N3 1 600 576 C 16 N3 G 43 H1 2 600 576 G 1 H21 C 58 O2 1 600 586 C 16 O2 G 43 H21 1 600 580 G 1 H21 C 58 N3 358 359 2 C 16 H42 G 43 N1 219 571 10 G 1 H1 C 58 O2 299 299 1 C 16 O2 G 43 H1 62 77 16 G 1 H1 A 57 N1 110 110 1 C 16 N3 G 43 H21 220 222 3 G 1 O6 A 57 H61 99 537 16 C 16 H42 A 42 N7 324 360 15 G 1 H22 T 2 O2 60 594 175* C 16 N3 A 42 H62 519 521 3 G 1 H22 T 2 O4' 229 231 3* G 1 H5T G 1 O4' 20 132 76* T 17 O4 A 42 H62 1 600 599 T 17 H3 A 42 N1 24 591 461 T 2 O4 A 57 H62 1 600 586 T 17 O4 C 41 H42 68 600 97 T 2 H3 A 57 N1 4 600 597 T 17 O2 G 43 H21 37 349 100 T 2 O4 A 56 H61 120 600 60 T 17 O2 G 43 H22 108 582 26 T 2 O4 A 56 H62 176 546 67 G 18 O6 C 41 H42 1 600 420 T 3 O4 A 56 H62 1 600 561 G 18 H1 C 41 N3 1 600 516 T 3 H3 A 56 N1 1 597 589 G 18 H21 C 41 O2 2 600 578 T 3 O4 A 55 H61 410 584 59 G 18 H1 C 41 O2 253 580 73 T 3 O4 A 55 H62 17 517 225 G 18 O6 A 40 H62 1 600 33 T 4 O4 A 55 H62 1 600 531 T 19 O4 A 40 H62 1 600 600 T 4 H3 A 55 N1 1 600 556 T 19 H3 A 40 N1 1 600 559 T 4 O4 A 54 H62 19 504 91 T 19 O4 A 39 H61 56 591 38 T 4 O4 A 54 H61 459 464 6 T 19 O2 A 39 H62 328 334 7 T 5 O4 A 54 H62 1 600 589 T 20 O4 A 39 H62 1 600 335 T 5 H3 A 54 N1 4 600 529 T 20 H3 A 39 N1 2 600 579 T 5 H3 A 55 N1 577 582 6 T 20 H3 G 38 O6 334 343 10 T 5 O4 A 53 H62 27 493 114 C 21 H42 G 38 O6 1 598 332 T 6 H3 A 53 N1 1 600 600 C 21 N3 G 38 H1 1 592 240 T 6 O4 A 53 H62 1 600 529 C 21 O2 G 38 H21 1 600 502 C 21 O2 G 38 H1 32 600 231 G 7 O6 C 52 H42 1 600 549 C 21 H42 T 22 O4 10 10 1* G 7 H1 C 52 N3 1 600 483 G 7 H21 C 52 O2 1 600 578 T 22 O4 A 37 H62 1 600 464 G 7 H1 C 52 O2 27 519 89 T 22 H3 A 37 N1 2 600 596 G 7 O6 C 51 H41 420 546 27 T 22 O4' G 38 H21 229 600 137 G 7 O6 C 51 H42 340 340 1 T 22 O4' G 38 H22 388 542 19 T 22 O2 G 38 H21 66 75 10 G 8 O6 C 51 H42 1 593 585 T 22 O4 A 36 H62 69 600 175 G 8 H1 C 51 N3 1 589 588 G 8 H21 C 51 O2 3 600 586 T 23 O4 A 36 H62 1 600 505 G 8 H1 C 51 O2 471 600 14 T 23 H3 A 36 N1 1 600 594 G 8 N1 C 51 H42 439 441 3 T 23 O4 A 24 H61 477 485 9* G 8 H21 C 52 O2 108 548 75 G 8 H22 C 52 O2 329 332 4 A 24 H62 T 35 O4 1 600 596 G 8 O6 A 50 H61 23 587 201 A 24 N1 T 35 H3 1 600 579 G 8 H22 T 9 O2 44 600 275* A 24 H62 T 34 O4 15 585 53 T 9 O4 A 50 H62 1 600 583 A 25 H62 T 34 O4 1 600 587 T 9 H3 A 50 N1 1 597 516 A 25 N1 T 34 H3 1 600 594 T 9 O4 A 49 H62 8 600 231 A 25 H61 T 33 O4 468 471 4 A 25 H62 T 33 O4 25 151 15 T 10 O4 A 49 H62 1 554 330 A 25 N1 T 35 H3 536 543 8 T 10 H3 A 49 N1 7 600 585 T 10 H3 T 48 O4 300 600 77 A 26 H62 T 33 O4 1 600 567 A 26 N1 T 33 H3 1 600 561 A 11 H62 T 48 O4 0 0 0 A 11 N1 T 48 H3 0 0 0 A 27 H62 T 32 O4 1 600 598 A 11 H62 G 47 O6 1 43 8 A 27 N1 T 32 H3 1 600 555 A 11 N1 G 47 H1 8 13 6 A 27 H61 G 31 O6 226 560 171 A 27 H62 G 31 O6 128 134 7 C 12 H42 G 47 O6 22 600 551 A 27 H61 C 28 N3 369 370 2* C 12 N3 G 47 H1 15 600 531 C 12 O2 G 47 H21 1 600 583 C 28 H42 G 31 O6 1 600 462 C 12 H42 T 46 O4 139 514 26 C 28 N3 G 31 H1 1 600 526 C 12 O2 G 47 H1 281 560 60 C 28 O2 G 31 H21 1 600 563 C 28 O2 G 31 H1 19 491 49 A 13 H62 T 46 O4 1 600 596 C 28 H42 C 30 N3 38 72 35 A 13 N1 T 46 H3 1 600 507 A 13 H61 T 45 O4 44 84 41 G 29 O6 C 30 H42 1 600 535 A 13 H62 T 45 O4 5 591 115 G 29 H1 C 30 N3 1 600 549 G 29 H21 C 30 O2 1 600 572 A 14 H62 T 45 O4 1 600 576 G 29 H1 C 30 O2 177 421 23 A 14 N1 T 45 H3 1 600 596 G 29 N1 C 30 H42 347 354 8 A 14 H62 T 44 O4 7 471 26 G 29 O4' G 31 H21 380 600 60 G 29 H22 G 31 N3 313 313 1 A 15 H62 T 44 O4 1 600 531 A 15 N1 T 44 H3 1 600 600 A 15 H62 G 43 O6 94 413 62