TABLE II

SUMMARY OF H-BONDS BETWEEN SENSE AND ANTISENSE ERE
NUCLEOTIDES DURING 300 PICOSECONDS OF MOLECULAR DYNAMICS
USING AN ER DBD / 25 BP ERE MODEL IN A 10 ANGSTROM WATER LAYER 

Column numbers represent the following:
(1) Sense Strand Nucleotide (2) Nucleotide Number (3) H-bonding Atom
(4) Antisense Strand Nucleotide (5) Nucleotide Number (6) H-bonding Atom
(7) First Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(8) Last Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(9) Frequency of H-bond Occurrence 
* Denotes Intrastrand Nucleotide H-bonds.
Canonical Watson-Crick H-bonds are in boldface and
other DNA/DNA H-bonds are in plain text.

Key for DNA numbering scheme: 
 
   1    LEFT HALF SITE  12       13    RIGHT HALF SITE  25
5' A C A C G C A G T C A C   |   T T T G A C T T G A T C T 3'
3' T G T G C G T C A G T G   |   A A A C T G A A C T A G A 5'
  50                    39       38                     26

1  2  3  4  5  6   7   8   9    1  2  3  4  5  6   7   8   9
------------------------------  ------------------------------
A  1 H62 T 50 O4    1 300 268   T 13 O4  A 38 H62   1 300 275
A  1 N1  T 50 H3    5 300 296   T 13 H3  A 38 N1    1 300 300
A  1 H5P A  1 O4'  68 133  33*  T 13 O4  A 37 H61  16  20   5
A  1 H62 G 49 O6    1 125  13   T 13 O4  A 37 H62 124 300  39
                                T 13 O4' G 39 H21  90  90   1
C  2 H42 G 49 O6    1 300 298   T 13 O2  G 39 H22 170 170   1
C  2 N3  G 49 H1    5 300 288
C  2 O2  G 49 H21   8 300 293   T 14 O4  A 37 H62   1 293 254
C  2 N3  G 49 H1    5 300 288   T 14 H3  A 37 N1    1 299 284
C  2 O2  G 49 H1    6  11   6   T 14 O4  A 36 H61 187 192   6
C  2 H41 T 48 O4  260 260   1   T 14 O4  A 36 H62 291 300  10
C  2 H42 T 48 O4    1 253  96
                                T 15 O4  A 36 H62   1 294 294
A  3 H62 T 48 O4    1 300 300   T 15 H3  A 36 N1    1 276 276
A  3 N1  T 48 H3    6 284 224   T 15 O4  C 35 H41  10 242  49
A  3 H61 G 47 O6  119 240  17   T 15 O4  C 35 H42  85 294  38

C  4 H42 G 47 O6    1 300 288   G 16 O6  C 35 H42   1 237 169
C  4 N3  G 47 H1    8 300 292   G 16 H1  C 35 N3    1 299 242
C  4 O2  G 47 H21  14 300 281   G 16 H21 C 35 O2    1 300 299
C  4 O2  G 47 H1  290 290   1   G 16 H1  C 35 O2   87 284  50
                                G 16 N1  C 35 H42  69  70   2
G  5 O6  C 46 H42   1 300 297   G 16 O6  T 34 H3  224 300  70
G  5 H1  C 46 N3    1 300 297
G  5 H21 C 46 O2    3 300 298   A 17 H62 T 34 O4    1 191 155
G  5 H1  C 46 O2   59 261   6   A 17 N1  T 34 H3    1 192 166
G  5 O4' G 47 H21  68  72   5   A 17 H62 G 33 O6   37 300 186

C  6 H42 G 45 O6    1 300 124   C 18 H42 G 33 O6    1 114 111
C  6 N3  G 45 H1    1 300 125   C 18 N3  G 33 H1    1  60  49
C  6 O2  G 45 H21   1 300 293   C 18 O2  G 33 H21   1  42  32
C  6 O2  G 45 H1   84 299 178
C  6 H42 T 44 O4   19  39  21   T 19 O4  A 32 H62   1 300 268
                                T 19 H3  A 32 N1    1 297 160
A  7 H62 T 44 O4    1 300 300   T 19 O4  A 31 H61 158 160   3
A  7 N1  T 44 H3    1 300 227   T 19 O4  A 31 H62   8  27  20
A  7 H62 C 43 N3  207 211   5   T 19 O2  G 33 H1  259 265   7
                                T 19 O2  G 33 H21  15 295 208
G  8 O6  C 43 H42   1 300 293   T 19 H3  T 20 O2   10  10   1
G  8 H1  C 43 N3    1 300 295
G  8 H21 C 43 O2    1 282 211   T 20 O4  A 31 H62   1 300 296
G  8 N1  C 43 H42 217 224   8   T 20 H3  A 31 N1    1 300 295
G  8 H21 T 44 O2  287 295   9   T 20 O4  C 30 H42   9  11   3
G  8 H22 T 44 O2  170 280   4
G  8 O6  A 42 H62 136 223  15   G 21 O6  C 30 H42   1 300 266
                                G 21 H1  C 30 N3    1 300 284
T  9 O4  A 42 H62   1 300 299   G 21 H21 C 30 O2    1 300 295
T  9 H3  A 42 N1    1 300  61   G 21 N1  C 30 H42  39  41   3
T  9 H3  G 41 O6  229 231   3   G 21 H1  T 29 O4   68 206  63

C 10 H42 G 41 O6    1 269 243   A 22 H62 T 29 O4    1 300 300
C 10 N3  G 41 H1    1 300 279   A 22 N1  T 29 H3    5 300 146
C 10 O2  G 41 H21   1 300 300   A 22 H62 A 28 N7   18 185  22
C 10 H42 G 41 N1   19  21   3
C 10 O2  G 41 H1  173 235  19   T 23 O4  A 28 H62   1 300 300
C 10 H42 T 40 O4   35 300 126   T 23 H3  A 28 N1   23 300 253
                                T 23 O4  G 27 H1  104 300  50
A 11 H62 T 40 O4    1 300 300
A 11 N1  T 40 H3    1 300 246   C 24 H42 G 27 O6    1 300 244
A 11 H61 G 39 O6   89 300  59   C 24 N3  G 27 H1    1 300 299
A 11 H62 G 39 O6  288 291   4   C 24 O2  G 27 H21  21 300 280
                                C 24 H42 G 27 N1   20  20   1
C 12 H42 G 39 O6    1 300 284
C 12 N3  G 39 H1    5 300 288   T 25 O4  A 26 H62   1 300 265
C 12 O2  G 39 H21   8 300 293   T 25 H3  A 26 N1   13 261 137
C 12 O2  G 39 H1  167 171   5   T 25 O2  G 27 H22  29 300  95

G 45 H22 C 46 O2   98 234  28*  A 26 H5P A 26 O4'   7 240 159*
G 47 H22 T 48 O2   79 280  56*  G 27 H22 A 28 O2P 129 300 131*
G 49 H22 T 50 O2  208 300  36*  G 33 O6  T 34 H3  121 232   8*